01年6月に打ち出された答申。当時の文部科学大臣の名前を取って『遠山プラン』と呼ばれる。主な内容は、 （1）99ある国立大の再編・統合 （2）国立大の独立行政法人化 （3）トップ30大学構想 の3つ。（1）、（2）は、純粋な学校行政の要求から生まれたものというよりは、行財政改革のあおりを受けた改革案としての性格が色濃い。天野教授は「大胆かつ唐突なプラン」と評している。