学類・コースを基本とした幅広い教育を実施するため、教員の組織と運営についても大きく変えることにした。これまで教員は学生と同じ学部または大学院の研究科に所属していたが、０８年度からは教員を研究組織へと分離し、学域内の授業を横断的に受け持つことにした。
　「学生と教員の所属が同じ組織では、学際的な教育や異分野融合の研究をスムーズに進めることが難しい。教員を教育組織から切り離すことで、教員は自分の専門を担当するだけでなく、他学類の教員と共同したカリキュラム開発や、学域横断の授業をできるようにしました」（林学長）
　そして、学類・コースによる専門性の高い教育に加えて学際的・横断的な学びを学生に保障するため、主専攻・副専攻制を取り入れた。学類・コース・専攻ごとに必要最小限の科目を「コア・カリキュラム」として設定し、学びの核をつくる。その上で、所属するコースにおいて専門科目として履修する主専攻、異なる分野を学ぶ副専攻を選択できる。学生は、将来のキャリアを考えながら主体的に履修計画を立てることになる。