品川区の小中連携のもう１つの特徴は、今の子どもの身体面、精神面の発達などを踏まえて、義務教育の９年間を、１年生から４年生、５年生から７年生、８、９年生という「４・３・２」の３段階で捉えていることだ（図２）。４年生までは学級担任制だが、５年生以降は教科担任制としている。つまり、従来の学校であれば、中１（７年生）から始まる教科担任制を、５年生の段階にまで早めている。
　 菅谷校長は、「『４・３・２』の区分は、品川区オリジナルのアイデアではない」と話す。４年生と５年生を境に子どもの自尊感情が大きく低下することや、生理的発達に著しい変化が見られることは、早稲田大の安彦忠彦教授も指摘している（P.２～５参照）。

　 また、00年度から小中一貫教育に取り組む広島県呉市の調査からも、同様の結果が明らかになっている。品川区の独自調査でも、４年生までと５年生以降で同様の心理的・生理的変化が見られ、「４・３・２」区分の導入に妥当性が認められたという。
　 「４年生までは学級担任制、５年生以降を教科担任制にしたのは、４年生までの段階では、国語の力を伸ばす、算数の力を伸ばすといった、個別の教科の学力向上ではなく、学級担任が子どものさまざまな学習活動や学校生活に目を配りながら、全人的に子どもの力を伸ばしていくことが重要だからです。
　 ５年生以降になると、教科の専門的な内容に対する興味・関心がより高まるため、教科担任制の方が子どもの発達段階に適合していると判断しました」
　 このシステムで重要となるのは、学級担任制から教科担任制へと移行する５～７年生の指導体制の工夫だ。いわゆる「中１ギャップ」は、中学校に入ると教科担任制となったり、授業の進度が急に速くなったり、学ぶ内容が抽象度の高いものになるといった、小学校と中学校との間の「段差」に起因しているといわれる。この段差が解消されないまま５年生から教科担任制を導入したとしても、それでは新たに「５年生ギャップ」が生まれるだけとなってしまう。
　 そこで日野学園では、生徒が徐々に中学校レベルの授業に慣れるように、授業の進め方を工夫している。
　 「５年生になった途端に、いきなり中学校の教師が教室に来て、中学校流の教え方をしたら、子どもは不安を抱くでしょう。そこで、学習進度は、５、６年生の間は従来の小学校のスピードから始めて、徐々に速めるようにし、中学校の進度に無理なく慣れるようにしています」